Черепашки-ниндзя мешают планам таинственного клана, главой которого является их заклятый враг Шреддер.
Возвращение Шреддера
Шреддер возвращается из Измерения X и намеревается подставить черепах с помощью группы головорезов, переодетых ими
Невероятное превращение черепашек в лилипутов
Черепашки ищут осколки глаза Сарнота, кристалла невообразимой силы. Найдя первый осколок, Шреддер крадёт его и использует, чтобы уменьшить черепашек
Нападение пришельца
Обнаружив, что рост мутировавшего растения ускорился под воздействием первого фрагмента Ока Сарнота, Шреддер выпускает его в город, чтобы атаковать Черепашек
Злобные машины
Найдя второй фрагмент Ока Сарнота, Шреддер использует его в качестве источника энергии для суперкомпьютера Омнис, надеясь открыть портал в Измерение X
Проклятие глаза Сарнета
Шреддер завершает создание глаза Сарнота, прикрепляет его к своему шлему и планирует обрушить его силу на мир
Дело о пиццах-убийцах
Шреддер и Бакстер Стокман подменяют фрикадельки в пиццах, которые используются в качестве призов в конкурсе, странными инопланетными яйцами из Измерения X
Приход мухи
Шреддер получает Бибопа и Рокстеди обратно в качестве своих приспешников в обмен на Бакстера. Когда Крэнг пытается его уничтожить, происходит несчастный случай, превращающий его в муху-мутанта
Вторжение панкующих жаб
Черепахам приходится иметь дело с четырьмя мутантами-лягушками, которые теперь находятся под командованием Шреддера
Превращение Сплинтера
Донателло разрабатывает лекарство, которое позволит Мастеру Сплинтеру снова стать человеком
Самые блистательные в Нью-Йорке
Робот-полицейский Рекс-1 помогает Эйприл и Черепашкам победить злую армию роботов-полицейских под контролем Шреддера
Тинейджеры из измирения 'Икс'
Нейтрино возвращаются на Землю, услышав о плане Крэнга и Шреддера избавиться от черепах с помощью утечки мозгов